Mikrochirurgia endodontyczna to dział stomatologii zajmujący się leczeniem tkanek okołowierzchołkowych zęba, a więc tkanek znajdujących się w okolicy wierzchołków korzeni zębów. Przeprowadza się je wówczas, gdy zawodzą konwencjonalne metody leczenia kanałowego. Pozwala to zachować zęby, które dawniej skazane były na usunięcie, bez konieczności wykonywania skomplikowanych uzupełnień typu implant lub most.

Mikrochirurgia endodontyczna jest mniej inwazyjna niż konwencjonalna chirurgia, ponieważ dzięki zastosowaniu mikroskopu stomatologicznego znacznie podnosi skuteczność zabiegu i ogranicza jego zasięg. Wpływa to przede wszystkim na szybsze gojenie się tkanek po zabiegu.